空间转录组测序怎么实现？

发布时间：2024-09-23 浏览量：[ 258 ]

空间转录组测序

空间转录组测序可对细胞内的全转录组表达进行检测，同时保留细胞在组织中的空间位置信息，可更好地挖掘空间异质性，应用领域包括空间稀有细胞类型、生长发育、疾病发病机制、肿瘤微环境等。

为什么要检测空间转录组？

单细胞测序样本细胞被打散，在组织解离以及通过微流控体系时，细胞损失比较大，且信息容易失真，此外，单细胞测序中会丢失细胞的空间位置。空间转录组学在一定程度补充了单细胞转录组缺失的空间位置信息。技术优势

① 保留空间信息：在组织切片中保留mRNA的空间位置，揭示细胞间的相互作用和组织结构，适合研究具有明确形态特征的组织，如大脑、胚胎和嗅球等；② 全面转录组分析：在细胞水平上解析mRNA表达的全面视图，有助于理解复杂组织的细胞活性。在肿瘤学研究中，能够揭示肿瘤区域的基因表达梯度和微环境的异质性。

怎么实现空间转录组测序？

目前，空间转录组研究技术有多种不同的实现方法，包括基于原位杂交的成像技术和基于转录组测序的技术。其中，基于高通量转录组测序的10x Visium是商业化较为成熟的技术平台之一。

10x Visium平台使用微阵列技术将有序的寡核苷酸阵列沉积在载玻片上，然后将薄的组织切片覆盖在阵列上，进行透化操作使细胞的RNA扩散到带有条形码的寡核苷酸上，并原位反转录以产生带有空间索引的cDNA，然后进行高通量测序。

图2 10x Visium空间转录组测序原理[1]

吉赛空间转录组测序优势：

√ 更全面更深入生信分析：吉赛专业生信团队提供全面多元化的生信分析，且可整合多样本分析。

√ 完备的多组学研究平台：空间转录组可以与单细胞转录组、蛋白质组、代谢组等其他组学数据结合，提供多维度的生物学见解。

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