服务介绍
运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来,经过分离纯化获得结合在复合物上的RNA,再通过高通量测序实现对目的RNA的信息分析。RIP技术与高通量测序的结合,能帮助研究人员更好的了解癌症以及其它疾病整体水平的RNA变化。
RNA免疫共沉淀测序技术路线
测序方案
测序平台:Illumina Novaseq 6000/NovaSeq X Plus
测序模式:PE150
测序数据量:10 Gb raw data
生物信息分析
原始数据质控检查(碱基质量评估,序列质量评估)
比对结果质控检查
基因覆盖度分析
基于基因表达的样品主成分分析
富集基因表达分析
富集基因GO功能分析
富集基因KEGG通路分析
富集基因Rectome通路分析
富集环状RNA的预测及鉴定
富集circRNA宿主基因的GO功能分析
富集circRNA宿主基因的KEGG通路分析
富集circRNA宿主基因的Rectome通路分析
富集circRNA的靶向miRNA预测分析
富集circRNA及靶向miRNA网络调控制图
富集长链非编码RNA表达分析
富集lncRNA顺式调控基因的GO功能分析
富集lncRNA顺式调控基因的KEGG通路分析
富集lncRNA顺式调控基因的Rectome通路分析
部分结果示例
图1. 富集基因的GO功能分析展示
图2. 富集lncRNA的Reactome通路分析展示
图3. 富集circRNA-miRNA网络图展示
Table1. RIP-seq RNA样本送样建议
送样类型 | 送样量 | 完整性(RIN值) | 浓度 | 纯度 |
RIP RNA | ≥200ng,如≤10ng,则采用微量建库 | / | / | 无DNA,蛋白/盐离子等污染,样本无色透明不粘稠 |
*更具体的送样方法请详询销售或技术支持
物种范围:人、小鼠、大鼠,其余物种请详询销售或技术支持