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  • RIP-seq

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    运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来,经过分离纯化获得结合在复合物上的RNA,再通过高通量测序实现对目的RNA的信息分析。RIP技术与高通量测序的结合,能帮助研究人员更好的了解癌症以及其它疾病整体水平的RNA变化。


    52 RIP测序.png

    RNA免疫共沉淀测序技术路线



    测序方案


    测序平台:Illumina Novaseq 6000/NovaSeq X Plus

    测序模式:PE150

    测序数据量:10 Gb raw data



  • 生物信息分析

    原始数据质控检查(碱基质量评估,序列质量评估)

    比对结果质控检查

    基因覆盖度分析

    基于基因表达的样品主成分分析

    富集基因表达分析

    富集基因GO功能分析

    富集基因KEGG通路分析

    富集基因Rectome通路分析

    富集环状RNA的预测及鉴定

    富集circRNA宿主基因的GO功能分析

    富集circRNA宿主基因的KEGG通路分析

    富集circRNA宿主基因的Rectome通路分析

    富集circRNA的靶向miRNA预测分析

    富集circRNA及靶向miRNA网络调控制图

    富集长链非编码RNA表达分析

    富集lncRNA顺式调控基因的GO功能分析

    富集lncRNA顺式调控基因的KEGG通路分析

    富集lncRNA顺式调控基因的Rectome通路分析

     

    部分结果示例


    1. 富集基因的GO功能分析展示


    2. 富集lncRNA的Reactome通路分析展示


    3. 富集circRNA-miRNA网络图展示



  • Table1. RIP-seq RNA样本送样建议

    送样类型

    送样量

    完整性(RIN值)

    浓度

    纯度

    RIP RNA

    ≥200ng,如≤10ng,则采用微量建库

    /

    /

    无DNA,蛋白/盐离子等污染,样本无色透明不粘稠


    *更具体的送样方法请详询销售或技术支持

    物种范围:人、小鼠、大鼠,其余物种请详询销售或技术支持



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