转录是遗传信息从DNA到RNA传递的关键步骤，也是RNA生物合成的最主要形式。转录因子（transcription factor）是一类能与基因5’端特定序列专一性结合，使目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达的蛋白质分子，是参与转录调控的关键因素之一。
染色质免疫沉淀（Chromatin immunoprecipitation，ChIP）是一种分析 DNA 与蛋白质相互作用的研究方法。它的基本原理是活细胞或新鲜组织经过交联方式锁定核蛋白（转录因子、DNA损伤修复蛋白、组蛋白或DNA修饰酶、读取酶、去修饰酶等）与靶基因互作关系，再利用超声波物理法或生物酶法使染色质片段化，最后用核蛋白的特异性抗体，通过免疫结合的方式富集核蛋白所结合的 DNA 片段。核蛋白结合DNA片段分离纯化后，可以进行定量qPCR或高通量测序等分析。
ChIP技术原理图
1. 验证已知蛋白-DNA相互作用；
2. 研究转录因子的靶向基因及结合位点；
3. 研究DNA/RNA聚合酶、转录复合物在基因组上的作用位点；
4. 研究组蛋白共价修饰与基因表达的关系。
① 胞内反应：使用抗体免疫沉淀胞内蛋白-DNA复合物，真实反应细胞生理状态；
② 流程简便：操作简便；
③ 时间周期短：整个实验流程<8h。
问：ChIP实验完成之后，IP、IgG组别之间的CT值差异不大，是什么原因？
答：IP组CT值在28可能有以下几种原因或之一：①样本量不够；②检测基因非转录因子靶基因；③ 抗体效价低；④ 抗体非ChIP级别；⑤引物设计问题。
问：10e6的样本量是否能够开展ChIP实验？
答：不推荐，受特定时期转录因子发生转录激活的几率较低的影响，需要10e7细胞才能开展实验。
问：ChIP实验的阴阳性对照如何选择，实验是否阴阳性对照是必须的？
答：阴性靶基因可以选择GAPDH或ACTB，但是阳性靶基因受细胞类型，生理状态机药物干预等因素影响，没有办法统一，推荐查阅文献报道；推荐增加阴阳性对照检测，但不必须。
问：ChIP产物浓度一般什么范围？
答：ChIP产物总量及浓度受转录因子表达水平、靶基因数量及细胞状态等诸多因素影响，所以没有统一的标准，一般总量在1 ~ 200ng范围内。
问：ChIP产物浓度较低，超微量分光光度计无法检测，是实验失败了吗？
答：ChIP产物总量及浓度受转录因子表达水平、靶基因数量及细胞状态等诸多因素影响，产物总量一般较低，超微量分光光度计的检测范围在10 ~ 1000 ng范围，超出检测范围就会无法检测，推荐以qPCR检测为准。
问：无ChIP级别抗体，IP级别抗体能否开展ChIP实验？
答：IP级别抗体理论上可以开展ChIP实验，建议实验前先经过CoIP验证抗体能否工作；
问：关键设备是什么，超声破碎步骤是否必须，有探头与无探头的超声破碎仪如
何选择？
答：基因组需要经超声打断后方可开展染色质免疫共沉淀，有探头与无探头的超声破碎仪主要的区别在于工作功率，前者功率明显高于后者，推荐的工作功率为500 ~ 900范围。
问：CUT-Tag与ChIP技术如何做选择？
答：两种技术都是用于转录因子的靶基因研究，差异在于①基因组打断的方式前者为么酶切打断，后者为超声波打断，没有超声波破碎仪的可以选择前者；② CUT-Tag打断与建库同步，操作更简便；③ChIP实验中抗体结合转录因子体系较大，非特异性较低。
问：Input样本qPCR的Ct值在28以上正常吗？
答：不正常，10e7细胞的样本量，标准的实验结果Ct值在 20 ~ 24范围，如果超出范围可能得原因是①细胞数量不够；② 细胞活性低；③回收失败；需要重新实验。
问：磁珠结合抗体的步骤中，体系在垂直摇动时不流动正常吗？
答：正常，为了提高抗体磁珠结合效率，需要较小的结合体系；尽管摇动时肉眼观察不到溶液流动，但是磁珠一直在浮动的，也不会发生沉降。
