Polysome-seq

服务介绍

核糖体是大部分细胞中体积最大的大分子之一，密度较高，基于这些特点，Polysome-seq利用蔗糖梯度超速离心法可分离游离、结合40S核糖体小亚基、结合60S核糖体大亚基或结合单/多个核糖体的mRNA分子。将上述感兴趣的各个组分的溶液进行浓缩、提取RNA，然后通过高通量测序分析，能有效地分析翻译组，如翻译效率、非编码RNA的翻译或与翻译调控高度相关的非翻译区（UTRs），有利于研究从RNA到蛋白之间的翻译水平调控机制。

Polysome profiling实验流程概要（source：Su D, et al., 2024）

技术应用

①准确检测蛋白翻译效率；

②分析目标RNA降解、翻译起始和抑制等机制，研究翻译调控与基因表达；

③挖掘潜在翻译的非常规RNA，如lncRNA、circRNA的翻译。

技术优势

①直观反映翻译状态：Polysome profiling技术能够直观地反映细胞和组织内的翻译状态，通过分析不同组分中mRNA的分布，可以了解特定mRNA的翻译活跃程度；

②有助于理解翻译动态变化：Polysome profiling能够检测翻译中发生巨大变化的RNA，结合测序技术，有助于理解在不同生理或病理状态下翻译动态的变化。

测序方案

测序平台：Illumina HiSeq X10

测序模式：PE150

测序数据量：10G

吉赛翻译组技术服务内容

 Polysome Profiling图谱示例

特点	Polysome profiling/ Polysome-seq	Ribo-seq	RNC-seq	Disome-seq
mRNA长度	全长	核糖体保护片段区域	全长	双核糖体保护片段区域
翻译中RNA回收难度	难	难	易	难
起始量	多	多	少	多
测序方法	Microarray/NGS	NGS	Microarray/NGS	NGS
测序长度	任意	22-35 nt	任意	约54-68 nt
检测序列变异	√	×	√	×
UTR	√	×	√	×
检测核糖体位置、密度、ORF、uORF	×	√	×	√
每条mRNA上核糖体数目	√	×	×	×
技术难点	离心，梯度液分离，RNA 回收	酶切条件	RNC-mRNA 易断裂	酶切条件
生理条件	√	√	√	√
吉赛服务项目	图谱（5或18组分）	Ribo-seq测序分析	RNC-seq测序分析	无图谱-Disome-seq测序分析
	图谱+RNA（5或18组分）
	图谱+qPCR（5或18组分）
	图谱+WB（5或18组分）			图谱+Disome-seq测序分析
	图谱+测序（组分⑤单文库）
	图谱+测序（双文库-Light+Heavy组分）
	图谱+测序（双文库-Free+Binding组分）

 

翻译组重构控制饮食及其对肿瘤发生的影响

标题：Remodelling of the translatome controls diet and its impact on tumorigenesis

发表期刊：Nature

发表时间：2024年8月14日

利用高通量测序技术（PolyRibo-seq），分析小鼠模型肝脏在禁食状态下的翻译组变化。使用肝脏组织样本进行多聚核糖体超速离心分级分离，得到含有不同数量核糖体的mRNA。将分离出的mRNA进行纯化，并用于建文库测序。研究显示在禁食期间，全局翻译下降，肝脏细胞选择性地重构翻译组。

c. 蔗糖梯度分离喂食和禁食24 h的WT肝裂解物的代表性多聚核糖体图谱。无翻译或低翻译部分(2-7)和多聚核糖体部分(8-13)用于PolyRibo-seq；

d. 空腹时转录本翻译效率(TE)的log2倍变化(FC)火山图。红点表示翻译水平显著上调的基因；

e. 以Wiki通路为基础，富集了翻译显著上调的基因；

f：在喂食和禁食的WT肝脏蔗糖梯度部分，指示mRNA分布的百分比。

基础分析

原始数据质控评估

比对结果质控评估

基于基因表达的样品主成分分析

差异基因表达及相关通路富集分析

circRNA预测及鉴定

circRNA差异分析

差异circRNA宿主基因的通路富集分析

差异circRNA的靶向miRNA预测分析

长链非编码RNA差异分析

高级分析

差异长链非编码RNA的调控基因的通路富集分析

circRNA及靶向miRNA网络调控

部分结果展示

polysome profiling 实验图谱

显著性差异表达基因热图

比较差异表达基因火山图

GO 功能分析

KEGG 富集分析

Polysome-seq原始样本送样建议

*翻译组测序的细胞样本处理方法和转录组测序不一样，具体处理、保存和运输方法请咨询技术支持。

物种范围：人、小鼠、大鼠等，其他物种请详询销售或技术支持